J.D. hat sich inzwischen sehr gut in der Klinik eingelebt und wird nun auch langsam von den älteren Ärzten als ihresgleichen akzeptiert. Diese Entwicklung bringt jedoch unerwartete Probleme mit sich: So muss sich der junge Assistenzarzt entscheiden, ob er auf der Seite von Chefarzt Dr. Kelso steht oder auf der von dessen Todfeind Dr. Cox.